這裡是神奇寶貝們過著和平、快樂生活的世界；在這個世界中有種叫做「時間齒輪」的神秘寶物，由操縱時間的神奇寶貝「帝牙盧卡」的手下
「由克希」、「亞克諾姆」和「艾姆利多」慎重地守護著。
但是不知從何時開始，時間開始產生變異；受到這個影響，各地開始出現「不可思議的迷宮」這種奇怪的空間。
神奇寶貝們陷入混亂，甚至其中還有的因此變得兇暴。
於是，神奇寶貝們結成探險隊；為了幫助遇到困難的神奇寶貝、逮捕受通緝的神奇寶貝、還有取得在某些地方沈睡著的財寶，而不斷地挑戰不可思議的迷宮。然後……
隨著時間的變異更加嚴重，神奇寶貝的世界現在正面臨著重大的危機。
聒噪鳥：
老大，波加曼他們真能平安無事地到達幻之大地嗎？
龍蝦小兵：
嘿嘿！當然是能夠到達啦！再怎麼說小火焰猴手上握有「遺跡的碎片」嘛！
向日花怪：
我聽說遺跡的碎片是守護「時限之塔」的帝牙盧卡唯一認可的，像通行許可證一樣的東西的說！
胖可丁會長：
嗯，也就是說，小火焰猴和波加曼就是被遺跡的碎片選上的喔。
聒噪鳥：
嗯∼被碎片選上了是嗎。
大牙貍：
好帥呀∼！@▽@
吼爆彈：但是，
我想憑那些傢伙的個性，現在搞不好在乘龍的背上大剌剌地睡午覺咧，老大！
聒噪鳥：老大？……睡著了..￣▽￣|||
波加曼、小火焰猴：
咦！？
小火焰猴：時限之塔……
波加曼：
開始崩壞了？
森林蜥蜴：
木崎森林在時間齒輪被拿走前，時間就已經停止了。這就是幻之大地的時限之塔已經開始崩壞的證據；也就是說……帝牙盧卡已經變成黑暗帝牙盧卡了。
波加曼、小火焰猴：
咦！
小火焰猴：這、這樣的話，要是不快點把時間齒輪放進塔裡……
波加曼：
時間就會停止了！
森林蜥蜴：
帝牙盧卡不會這麼輕易讓我們把時間齒輪放進去的喔。他會為了阻止而不擇手段攻擊過來吧。
波加曼：
那該怎麼辦？
森林蜥蜴： ……只能把帝牙盧卡給打倒了！
波加曼：
把帝牙盧卡給！？
小火焰猴：
打倒！？
波加曼：
快一點!!乘龍！
乘龍：
我知道。瞧，眼前就正是目的地了喔。
看前方，跟旁邊的海有一點不同的地方
，有沒有？
小火焰猴：
真的耶∼
乘龍：
那就是時間的縫隙的交界處。從那裡通過，就能到幻之大地了。
乘龍：
好了，要去了喔！
波加曼、小火焰猴：哇！飛到空中了!!
森林蜥蜴：
不，並不是飛到空中，而是我們正在通過「時間之海」。
乘龍：
幻之大地就在通過時間之海之後的地方。
小火焰猴：
快看！那邊！
乘龍：
那就是幻之大地。
小火焰猴：
終於到了呢，波加曼！
波加曼：
是啊。
回憶畫面：
波加曼：
小、小火焰猴居然會說話！明明是神奇寶貝！
小火焰猴：
真是奇怪的傢伙啊，你自己不也是神奇寶貝嗎？波加曼。
波加曼：
啊！我、我居然變成神奇寶貝啦！！
胖可丁會長：
神奇迷宮隊嗎……嗯，真不錯的名字！
小火焰猴：
太好了！
波加曼：
小火焰猴。
小火焰猴：
怎麼啦？波加曼。
波加曼：
我對於在未來時的事，還有還在人類時的事，依然什麼都想不起來。
不過為什麼我現在會在這裡，我想我已經明白了。
小火焰猴：
咦？
波加曼：
這跟是人類還是神奇寶貝一點關係都沒有。我是為了和你一起到幻之大地，
然後前往時限之塔，解救這個世界、還有大家
，才會在這裡的！
小火焰猴：波加曼……
森林蜥蜴：時限之塔……
波加曼：那就是……
小火焰猴：時限之塔……
乘龍：
時間之海就要結束了。我能幫忙的地方也就到這邊為止了。
波加曼、小火焰猴：
咦！？
小火焰猴：
可是時限之塔不是飄在空中嗎？到底要怎樣才能到那邊？
乘龍：
沿著那條路走下去，有個古代遺跡的神殿。「彩虹的石舟」就在那裡沈睡著。
小火焰猴：這裡是……
森林蜥蜴：
是遺跡的神殿。
波加曼：
好，過去看看吧！
森林蜥蜴、小火焰猴：
喔！
波加曼：這是……
小火焰猴：
啊！和我的遺跡碎片同樣的花紋！
波加曼：啊，你們看，時限之塔就在那邊……
嗯？這是……
森林蜥蜴：
怎麼了？波加曼？
波加曼：
這個石版上好像刻著什麼文字。
森林蜥蜴：
未知圖騰文字……是古代的語言
小火焰猴：好厲害！你看得懂嗎？森林蜥蜴。
森林蜥蜴：
我就是為了這個，在未來的時候調查了很多事呢。
……我和波加曼兩個人。
波加曼：
咦……是這樣嗎……可是我還是想不起來。對不起。
小火焰猴：
快點讀啦，森林蜥蜴！
森林蜥蜴：
好好，不需要這麼急啦。
……看來，這個神殿本身就是彩虹的石舟的樣子。
小火焰猴：
咦！？
波加曼：
什麼意思！？
森林蜥蜴：就是這個嗎……
小火焰猴，把那個遺跡的碎片放進這裡。
這樣彩虹的石舟就會發動，然後會把人傳送到時限之塔。石版上是這樣寫的。
小火焰猴：
真的嗎？
波加曼：
放進去看看吧，小火焰猴。
小火焰猴：
嗯！……哇啊啊啊啊！
波加曼：
啊！
森林蜥蜴：
什麼！？
波加曼：
勾魂眼！
小火焰猴：
把碎片還來！
???：
哼哼哼哼哼哼……哼哼哈哈哈哈。
森林蜥蜴：
夜黑魔人！
夜黑魔人：
作得很好。
小火焰猴：
喂！那是我重要的寶物啊！還來！
夜黑魔人：
哼，我是絕對不會讓你們改變未來的。
森林蜥蜴：
夜黑魔人！你們是怎麼來這的！？
夜黑魔人：
我拜託帝牙盧卡大人把我們從未來直接傳送到這邊的。
我算好你們絕對會來這裡，所以在這邊等待就能省掉找人的功夫啦。接著就拜託你們了。
森林蜥蜴：
等一下，夜黑魔人！
龍蝦小兵：
嘿嘿！這樣的話我就用"泡沫光線"來對付！
向日花怪：
用我的"花之舞"的說！
胖可丁會長：
沒用的！
龍蝦小兵、向日花怪：咦？
胖可丁會長：
就算是我的"高音"也對付不了的。
聒噪鳥：可是老大，就這樣下去的話……
胖可丁會長：
不要緊。就算現在時間停止了，波加曼和小火焰猴和森林蜥蜴也會想辦法解決的！各位，要相信伙伴！
向日花怪：
說得也是！要相信那些孩子的說！
胖可丁會長：
加油，神奇迷宮隊！
小火焰猴：
"噴射火焰"！！上啊－－！！
波加曼：
"水砲"！！
森林蜥蜴：
"種子機關槍"！！
夜黑魔人：
把這帶回去未來的話……這樣誰都沒辦法接近時限之塔了。哼哼哼哼！！
森林蜥蜴：
這樣的話，把我們的力量集中起來吧！
波加曼：
好！
小火焰猴：
知道了！
森林蜥蜴：
"能源球"！！
小火焰猴：
"火焰漩渦"！！
波加曼：
"潮旋"！看招！！
夜黑魔人：
帝牙盧卡大人，結果是大成功……我現在馬上就回去未來了。
森林蜥蜴：
夜黑魔人！！
夜黑魔人：
什麼！
森林蜥蜴：
現在還不能讓你回去！
波加曼：
嘿，看來是趕上了。
小火焰猴：
把遺跡的碎片還回來！
夜黑魔人：
難道你們…把勾魂眼們都打倒了嗎……
哦
∼幹得不錯嘛神奇迷宮隊
，你們成長了嘛……！！
這樣的話沒辦法了！就讓我看看你們能抵抗到什麼程度吧！"惡之波動"！！
夜黑魔人：
反正憑你們的實力也不可能有勝算的啦！
小火焰猴：
可惡……夜黑魔人果然很強……
森林蜥蜴：
不可以放棄。我相信他某個地方一定有破綻！
波加曼：
森林蜥蜴說得沒錯！小火焰猴，要是我們放棄的話，這個世界、以及同伴們就會……！
小火焰猴：
同伴……大家！
夜黑魔人：
哼哼，憑你們這種程度能打成這樣我就姑且誇獎你們吧，但是遊戲時間結束啦！
森林蜥蜴：
什麼！
小心點！不知道他會耍出什麼手段來！
森林蜥蜴：
好、好強的威力！！
波加曼：
小火焰猴，森林蜥蜴，我們再一次同心協力對準那個黑色的漩渦出招吧！
森林蜥蜴：
但是那樣強勁的威力，一弄不好的話連我們的能量都會被吸進去的！
夜黑魔人：到此為止啦！！
小火焰猴：
已經非幹不可啦森林蜥蜴！
森林蜥蜴：…好吧！
波加曼：
嗯！
夜黑魔人：
看招！"影子球"！！
波加曼、森林蜥蜴、小火焰猴：
上吧！！
森林蜥蜴：
"能源球"！！
小火焰猴：
"火焰漩渦"！！
波加曼：
"潮旋"！
夜黑魔人：
什、什麼！！
唔哇啊啊啊啊啊！
波加曼、小火焰猴：
太棒啦！！
森林蜥蜴：
我們打敗夜黑魔人啦！
勾魂眼：難、難不成夜黑魔人大人……
夜黑魔人大人被打敗了！
快逃啊！
小火焰猴：
我不是說了遺跡的碎片是我的寶物嗎？
來吧，波加曼，森林蜥蜴！準備搭上彩虹的石舟囉！
波加曼、森林蜥蜴：
好！
夜黑魔人：…哼，森林蜥蜴，波加曼，
這樣真的好嗎……如果你們打倒帝牙盧卡大人改變了歷史，那未來的神奇寶貝們也會消失喔？
波加曼：
消失？未來的神奇寶貝？
森林蜥蜴：
不要理這種傢伙說的話，波加曼！
夜黑魔人：
當然，來自未來的你們兩個也會消失的啦。
波加曼：
啥！？
小火焰猴：
喂∼波加曼，森林蜥蜴，快點來啦！
波加曼：
夜黑魔人說的話是真的嗎？
森林蜥蜴：…是真的。
波加曼：
怎、怎麼會！
森林蜥蜴：
沒關係。如果可以因此讓這個世界的時間再次走動，讓神奇寶貝們和平的生活繼續下去的話，我們為了這個從未來來到這裡就值得了。
波加曼：森林蜥蜴……
森林蜥蜴：
我從未來來到這個世界，第一次見到「日出」這個景象。然後對於眼前這麼美麗的景色，我深深感受到活著的喜悅。
我已經對黑暗的未來不抱任何活著的希望了。如果我們能間接改變黑暗的未來世界，那丟掉這一條命也在所不惜！
波加曼：啊……
森林蜥蜴：
為了讓世界和平，我、我們的命運就是要消失！
波加曼，我和你當時都是抱著這種覺悟從未來來到這
個世界的。
波加曼：是這樣啊。原來我當時就抱著自己要消失的覺悟來這裡的啊……
森林蜥蜴：
對於失去記憶的你來說，或許這事實有點殘酷吧。
波加曼：
沒關係的，森林蜥蜴。
森林蜥蜴：咦！？
波加曼：如果不做任何事就無法停止時間的破壞，那我們就非做不可，儘管我們會因此消失！
一起打倒帝牙盧卡吧！阻止時間的停止吧！
森林蜥蜴：波加曼……
森林蜥蜴：
不過有一件讓我很在意的事……
波加曼：
嗯？
森林蜥蜴：
我們來到這個世界後，有一些事情多了變化。
波加曼：
多了變化的事情？
森林蜥蜴：在未來時，我們的確抱持一死的覺悟，沒有任何牽掛。
小火焰猴：喂！波加曼和森林蜥蜴，你們在幹嘛啦？
波加曼：
馬上就去！
森林蜥蜴：但是波加曼，現在的你不一樣了。
因為現在的你…多了小火焰猴這個存在！
波加曼：啊…
森林蜥蜴：
小火焰猴非常親羨你；如果知道你會因此不見的話，小火焰猴應該會非常難過吧。
波加曼：我消失的時候，小火焰猴會……
小火焰猴：
真是的，兩位好慢啊~我先準備囉！
夜黑魔人：
我不會讓你得逞的！！
小火焰猴：
嗚哇啊啊啊啊！！
波加曼、森林蜥蜴：
什麼！？
夜黑魔人：
我不會讓你改變未來的！
小火焰猴：
啊！！快點還來！！
波加曼：
沒事吧？小火焰猴！啊？
小火焰猴：
波加曼！
森林蜥蜴：喔啊啊啊啊！！
波加曼、小火焰猴：
森林蜥蜴！！
夜黑魔人：
可惡，多了一隻程咬金。
小火焰猴：
沒事吧？森林蜥蜴！
森林蜥蜴：喔啊啊啊啊！！
夜黑魔人：
什麼！？
波加曼：
森林蜥蜴！！
夜黑魔人：
你，你想做什麼!森林蜥蜴！
森林蜥蜴：
我要把你一起拖到未來去！
夜黑魔人：
啥！？
波加曼：
你說什麼？
小火焰猴：
怎麼這樣！
森林蜥蜴：
我大概已經不會再回來這裡了吧！小火焰猴！波加曼就拜託你關照了！
小火焰猴：
說、說什麼！要我代替森林蜥蜴你，我做不到啊！！
森林蜥蜴：
不，做就對了小火焰猴！你可以做得到！因為你們兩個是最棒的拍檔！！
波加曼：
森林蜥蜴！！
森林蜥蜴：
波加曼！趕快跟小火焰猴一起搭上彩虹的石舟！
然後，把這些齒輪給嵌入時限之塔啦！！
夜黑魔人：嗚咕……住手啊森林蜥蜴！
森林蜥蜴：
很快就結束了，給我安靜！
波加曼，我能遇到你非常幸福！
離別雖然很痛苦，但是接下來就拜託了！
波加曼：
森林蜥蜴！
森林蜥蜴：
哼，讓你久等啦夜黑魔人！
波加曼、小火焰猴：
森林蜥蜴！！
森林蜥蜴：
……拜託你們了，這個世界……和美麗的日出……
就由你們來守護了……
波加曼、小火焰猴：
森林蜥蜴－－－－！！！！
波加曼：森林蜥蜴……
小火焰猴：在未來等著我們喔，森林蜥蜴……
我一定會停止時間的破壞，把未來改變成更好的世界的！
（波加曼：小火焰猴還不知道……如果停止時間的破壞，那麼我，以及在未來的森林蜥蜴，
兩個都會消失掉……）
小火焰猴：
波加曼，
波加曼：嗯！？
小火焰猴：森林蜥蜴剛剛說的「離別很痛苦」，我好像知道這句話的意思……
因為森林蜥蜴和波加曼你一直都是最佳拍檔對吧。和你離別，他一定非常痛苦吧。
波加曼：
啊，嗯。（……不對喔小火焰猴。森林蜥蜴他那樣說，是擔心小火焰猴你和我遲早會別離。
擔心當我消失時，你會感受到的痛苦。當歷史改變的瞬間，我就會消失。
我能和你在一起，一起冒險，這次
大概是最後一次了吧。）
小火焰猴：
波加曼，為了森林蜥蜴我們出發吧！前往時限之塔！
波加曼：
好！
小火焰猴：要上囉！
波加曼：
你有覺悟了嗎，小火焰猴！
小火焰猴：
當然！
波加曼：
等著瞧吧！帝牙盧卡！
