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小智和皮卡丘一行人來到大城市「紐特市」，那裡設立了寶可夢專用居住設施「寶可夢山莊」，近期預定完工。在即將建造完成的寶可夢山莊前突然出現一隻紅色的寶可夢「赤紅蓋諾賽克特」以及其他蓋諾賽克特們！那是電漿團從3億年前的化石中，改造了基因並使其復活的寶可夢。他們失去了曾屬於他們的故鄉，因此將所見之物視為敵人進行破壞，而此時突然現身保護小智一行人的，竟然是傳說中的寶可夢「超夢」…！

　　
紅色的蓋諾賽克特：存在於３億年前的寶可夢。被等離子隊改造，在背部裝了砲台。
蓋諾賽克特(群)：牠們被電漿團復活後，就一直尋找適合自己居住的家，結果把紐特市當成了3億年前自己的家，雖然與超夢、小智一行人發生了許多衝突，但在小智一行人的努力下，除了化解誤會外，也幫牠們找到了適合牠們居住的地方。
超夢：由夢幻的基因改造出來的寶可夢，感受到蓋諾賽克特想回家的心而前來，中途發生了許多激戰，但最後仍成功幫助蓋諾賽克特們找到適合的家。


艾利克：寶可夢山莊的管理人，帶領小智一行人參觀，在危機的時候努力阻止城市大爆炸發生。

　
　

片中超夢的覺醒形態即為超級進化（超級超夢Ｙ），但是在《Ｘ／Ｙ》公布之前曾一度被認為只是普通的形態轉換。
本影片是在寶可夢電影逐漸與動畫獨立化之後，再度出現與動畫相關的劇情，蓋諾賽克特軍團曾多次在寶可夢 超級願望的劇集中被提及。