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在荒地迷路的小智一行人遇到「廣美」——以水中神奇寶貝表演而出名的碼頭巡迴團明星。廣美是水之民的後裔，能夠體會水系神奇寶貝的內心。小智等人便聽廣美訴說著水之民流傳已久的傳說 。原來在海洋深處，水之民的族人建造了「海之神殿－亞克夏」，裡面供奉隱藏著珍寶「海之王冠」。這神殿只會在月全蝕的時刻出現，而目前誰也沒看過這頂王冠的真面目。

這時出現追尋傳說之謎的神奇寶貝保育家「傑克‧渥卡」（暱稱阿傑）。原來阿傑的機密任務是要把蒼海的王子──瑪納霏的蛋給安然送進神殿裡。於是廣美和小智等人也協助這項任務。

忽然這時！出現了有「幽靈」之稱的海盜船長開來的大型潛水艦。原來幽靈想要奪取王冠，借住王冠的神力來策劃征服世界。但是要解開王冠隱藏的謎團，似乎還需要靠瑪納霏的蛋。這時連火箭隊都想過來分一杯羹，造成了大混亂！為了抵制 幽靈的陰謀，阿傑開始用 捕獲游標藉助許多神奇寶貝的力量，小智他們也拿出自己的神奇寶貝準備應戰。但畢竟對方的高科技潛水艦威力太強，頓時陷入危機！

神秘的蛋此時發出燦爛的光芒，瑪納霏終於誕生了！隱藏於王冠珍寶裡的秘密是？而瑪納霏的神秘力量又是？最後阿傑和小智等人的任務究竟能不能圓滿成功呢？！現在，準備朝向海之神殿－ 亞克夏，目睹這精采的冒險吧！

　　

　　 　
阿傑：本故事的主角保育家，執行各種艱難的任務，包括協助瑪納霏保護海中的秘寶
幽靈：是惡名昭彰的海盜船長，貪得無厭的想要奪取瑪納霏和海之王冠
廣美：水之民的後裔，是位水上表演的明星，也知道一些亞克夏神殿的傳說
茱蒂：她是保育家基地的聯絡長，有著姣好的相貌和可人的個性，連工作中也常被約會纏身

　　 　
瑪納霏：有「蒼海的王子」之稱，隱藏著能解開亞克夏神殿海之王冠之謎的力量
小球飛魚：是巨翅飛魚的進化前，在水裡能漂啊漂的游動
泳圈鼬：頸部有長著浮圈，尾巴可當螺蜁槳，可以抱著人類游泳
聒噪鳥：可以輕易模仿任何牠聽到的聲音，在電影裡牠會跟隨站在海盜船長的手杖上喔

　
　

本部電影地理藍圖：羅馬地區的神殿
主要聲優：山寺宏一（阿傑），BECKY（茱蒂），真鍋KAWORI（廣美），藤岡弘、（海盜船長幽靈），HORI（音符鵡）
電影中一直不斷出現青色外型紅色細胞的蛋狀物，那正是會孵出這部電影的新主角「瑪納霏」